除对文学作出的巨大成就而外，柳宗元又是一位著名的思想家。一个积极投身于政治革新的人，推崇“古文”运动，必然是一个思想家。柳宗元的哲学论著有《非国语》、《贞符》、《时令论》、《断刑论》、《天说》、《天对》等。在这些论著中，柳宗元对汉代大儒董仲舒鼓吹的“夏商周三代受命之符”的符命说持否定态度，把董仲舒这样的大人物斥为“淫巫瞽史”，指责他“诳乱后代”。他反对天符、天命、天道诸说，批判神学，强调人事，用“人”来代替“神”，这在一千多年前神学迷信思想占统治地位的封建社会中，是十分难能可贵的。柳宗元还把对神学的批判变成对政治的批判，用朴素唯物主义观点解说“天人之际”即天和人的关系，对唯心主义天命论进行批判。他的哲学思想，是同当时社会生产力的发展、自然科学所达到的水平相适应的。他把古代朴素唯物主义无神论思想发展到了一个新的高度，是中唐时代杰出的思想家。
柳宗元所写的一些关于社会政治的论著，是他的政治思想的具体反映，是他参与政治斗争的一种手段。《封建论》是柳宗元最著名的政治论文。针对分封制和郡县制两种制度之争，柳宗元认为整个社会历史是一个自然发展的过程，有其不以人们的意志为转移的客观发展的必然趋势。分封制暴露出种种严重弊端，而新的郡县制能克服分封制弊端，有优越性和进步性，因而极力支持郡县制。对秦始皇的评价，也反映出柳宗元政治思想的进步性。《六逆论》、《晋问》等政论文，主张任人唯贤，反对世袭特权，甚至认为天子在用人问题上有了错误，也应改正。他重视农战的思想也比较突出，重视劝农耕，修水利，以利民、安民。柳宗元推崇儒学，但不主宗一家。他的不少言论，往往从折衷调和的立场，来对儒、法、释、道等各家学说作调和的解说，这是他思想异于其他思想家之处。