宋祁的祖先是周武王所封的宋国君主微子，到了晚唐唐昭宗之时，时任御史中丞的高祖宋绅，因其言语不当而获罪，被罢免其官，遂举家迁于雍丘县双塔乡（今河南商丘民权县）。
北宋天圣二年（1024年），宋祁与其兄宋庠同举进士，礼部本拟定宋祁第一，宋庠第三，但是章献皇后觉得不能弟弟不能排在哥哥的前面，于是定宋庠为头名状元，而把宋祁放在第十位，人称“二宋”，以大小区别，所以又有“双状元”之称。
宋祁初为复州军事推官，后经孙奭（shì）推荐升任大理寺丞、国子监直讲。殿试之后授予直史馆，再升任太常博士，同知礼仪院。又升迁为尚书工部员外郎，修撰《起居注》。
宝元二年（1039年）宋祁改担任盐铁句院，知制诰，升迁为天章阁侍制，判太常礼院，至国子监。在西北边境战事财政都吃紧的情况下，他写下了关于“三冗三费“的上疏。
庆历元年（1040年），因其兄宋庠与宰相吕夷简不合被罢相之事，被贬为知寿州（今安微省凤台县），后至陈州（今河南淮阳县）。
庆历三年（1043年）回朝，担任龙图阁学士、史馆修撰，奉皇帝的诏令同欧阳修合修《唐书》，前后历时十七年。
庆历六年（1046年），宋祁升为右谏议大夫，出任群牧使。
庆历八年（1048年），再次担任翰林学士。
皇祐元年（1049年），宋祁因张贵妃册封之事被贬知许州（今河南省许昌市）。数月后又被召回，为侍读学士，史馆修撰，升迁给事中，兼龙图阁学士。
皇祐四年（1052年），因其子犯罪之事，被贬知亳州（今属安徽省）兼集贤殿修撰。
皇祐五年（1053年），又调知成德军（河北省正定县）升为礼部侍郎。又调到定州（河北省定县）。皇帝加封他为端明殿学士，特地升为吏部侍郎，知益州（今四川省成都市）。
嘉佑四年（1059年），从益州回京后被授于三司使，后因包拯等上书说其兄宋庠任宰相，宋祁不宜任三司使，没能上任。之后皇帝加封他为龙图阁学士，知郑州。
嘉佑五年（1060年），《唐书》修撰完毕，宋祁被升为左丞、工部尚书。
嘉佑六年（1061年），宋祁回到京城拜翰林学士承旨，复任群牧使。
嘉佑六年三月（1061年），宋祁卒于东京，卒后谥号景文。