孔融不但是孔子世孙、天下名士，家世出身、政治背景与立场都与宦官之后的曹操有明显差异，而且他非常坚定的效忠于日趋式微的汉朝天子，成为当权的曹操推行自己政策的最大障碍之一，最终招来杀身之祸。而且由于曹操杀孔融的罪名极重，甚至直到西晋时陈寿著写《三国志》时，都不敢为孔融立传，成为该史书中缺少的最著名人物之一。
由于全家被杀和曹操所加的严重罪名，孔融的作品大部分流失，后世整理的《孔北海集》残缺不全。但是孔融的品格与言论仍然对当时和后世产生了影响。杀孔融被视为曹操执政的污点之一，而孔融反对肉刑等的作品甚至到隋唐时期仍然被用作朝廷政策讨论的论据。
但是从此后，孔融作为孔子的二十世孙，一千七百多年来，孔融的文学才能和品格一直被广泛流传着颂扬，这也可能与曹操很长时期在中国历史上都反而被妖魔化了有关。