妒杀韩非
正当李斯步步高升的时候，秦王却十分喜爱韩非的才华。韩非和李斯是同学，他继承了荀子的学说，并在此基础上，把慎到的“势”，商鞅的“法”，申不害的“术”结合起来，并加以丰富和发展，形成了一套完整的君主专制理论。韩非是战国末期的一位大思想家，学问比李斯大得多。韩非因说话口吃，不善辩说，但善于著述。韩非回到韩国以后，看到韩国太弱，多次上书献策，但都未能被采纳。于是，韩非发愤著书，先后写出《孤愤》、《五蠹》、《说难》等。他的书传到秦国，由于讲的都是“尊主安国”的理论，秦王非常赞赏韩非的才华，并说：“我要是能见到此人，和他交往，死而无恨。”不久，因秦国攻韩，韩王不得不起用韩非，并派他出使秦国。秦王很喜欢韩非，但还没有决定是否留用。李斯知道韩非的本事比自己大，害怕秦王重用他，对自己的前途不利，就向秦王讲韩非的坏话。他说：“韩非是韩王的同族，大王要消灭各国，韩非爱韩不爱秦，这是人之常情。如果大王决定不用韩非，把他放走，对我们不利，不如把他杀掉。”秦王轻信李斯的话，把韩非抓起来。根据秦国法令的规定，狱中的囚犯无权上书申辩。韩非到秦国以后，又得罪了姚贾。姚贾为秦国立过功，深得秦王的重用，被任命为上卿。韩非却向秦王说，姚贾出身不高贵，当过大盗，在赵国做官时被赶跑了，认为用这样的人是很不应该的，使得秦王很扫兴。事后秦王又向姚贾问起韩非，姚贾当然不会讲韩非的好话。在李斯和姚贾的串通下，韩非没有办法，只好吃了李斯送来的毒药，自杀而死。从此以后，李斯没有对手，更可以施展自己的才能，为秦王统一六国出谋划策了。郡县制与焚书秦王政二十六年（前221年），秦王结束了长期分裂的割据局面，统一了中国，建立了一个东到大海，南达岭南，西至甘青高原，北至今内蒙古、辽东的空前的大一统国家。秦王，这时已称为秦始皇了。为了巩固这个统一的国家，李斯也是做了一定贡献的。
（另有一说，李斯一直想将韩非留在秦国，等秦灭韩之后再为秦国所用。但由于韩非之书《韩非子》对于帝王之术、统治之术的分析过于透彻，导致秦王嬴政对其才华感到恐惧，加上韩非的三条不利于秦国发展的建议、姚贾的陷害，使秦王政将韩非下狱拷打。李斯实心欲救韩非，曾帮韩非呈韩非绝笔之作《初见秦》于秦王政，无奈秦王政铁心欲除韩非。后秦王政以韩非书中《八经》之三中除“阴奸”之术施于韩非：令李斯去处理韩非一案（结合之前所言即让李斯杀死韩非），嫁祸于李斯，从而不背骂名。李斯无奈，只得从命而下毒于韩非饮食，使韩非暴毙而亡。）
这一说法出自曹升的《流血的仕途》一说，但争议颇大。
历史上对于《初见秦》一书的作者多有歧义，有范雎作，荀子作，吕不韦作，张仪作等多种说法。但基本可以肯定的是并不是韩非本人亲笔。（理由有四：1.《初见秦》文中十次称秦昭襄王为“大王”，但韩非在秦昭襄王时期并未到秦，此其一也。2.文中曾提到“举赵而韩亡”，这种“亡韩”的观点与韩非向来“存韩”的观点并不相符，此其二也。3.文中曾提到“逾羊肠，降代、上党”“上党六十七县，不用一领甲，不苦一士民，此皆秦有也”。公元前261年，韩割上党郡以向秦求和。而韩非入秦应为公元前234年左右，作为《说难》一文的作者，相信他不会劝说秦王占领已经属于秦国的土地。4.《初见秦》一文与《战国策 张仪说秦王》相似度极高）。
焚书
秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸阳宫称颂秦始皇时，博士淳于越很不知趣，向秦始皇说：殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给子弟和功臣。天下如此之大，宗室子弟没有封地，和百姓一样，万一发生了齐国陈恒、晋国六卿之变，又有谁来相救呢？凡是不以古为师而天下能长久的，没有听说过。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。他认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效法。那时候诸侯并列，互相争夺，天下统一，情况完全不同，不必效法古代。以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。
按照李斯制定的法令，那是相当残苛的。凡是秦记以外的史书，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的诗、书、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之书。此后，如果有敢再谈论诗书者“弃市”（指在闹市区执行死刑，并将尸体暴露街头，称为弃市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，称为族）”；官吏如果知道而不检举者，与之同罪；令下后三十日仍不烧者，黥(意为用刀刺刻额颊等处)再潦上墨为“城旦”（一种刑罚，输边筑长城四年）。有想学习法令的，要以吏为师。
这次焚书的原因，是由于讨论是否分封的问题而引起的，无论是主张分封还是反对分封的大臣，都是为了秦始皇长久统治打算，他们并无根本利益上的对立。李斯借题发挥，最后竟造成焚书的结局，也不是没有缘由的。
秦国自商鞅变法以来，一直是以法家理论作为治国的指导思想。秦始皇统一天下之后，也是以法家治国的。在他当皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央专制政权，划定全国疆域，统一文字度量衡，修筑长城等，对文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想为秦始皇出谋划策，是不利于秦的中央集权统治的。因此，善于领会秦始皇意图的李斯，为了打击儒家势力，巩固统一政权，提出了上述焚书的主张，得到了秦始皇的同意和批准。于是，秦始皇下令焚书，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。然而，另一方面秦始皇也曾将一些禁书收藏在咸阳皇家图书馆，使得部分珍贵书籍得以保存了下来。