彭孙遹之父彭期生（字观我），为刘宗周弟子，南明唐王时官至太仆卿。清兵南下，期生先据守吉安，再战于泰和，数败清军。后奉檄守赣州虔中，城破，将吏请期生出逃，不肯，曰：“虔，吾睢阳也！”挥众散去，投缳自尽。孙贻求遗骸不得，不交人事者二十年。
彭孙遹少年颖悟，清顺治十六年（1659年）己亥进士，授中书舍人。顺治十八年（1661年）因“江南奏销案”落职。康熙十八年（1679），召试博学鸿词，得第一名，授翰林院编修。二十一年（1682），充会试同考官。二十四年（1685），迁国子司业，旋授翰林院侍读，进侍讲学士。二十七年（1688），特简内阁学士，教习庶吉士，充政治典训、平定三逆方略两馆总裁，复充国史馆总裁。三十年（1691），为吏部右侍郎，兼翰林院掌院学士。选拔官吏，杜绝请托。充经筵讲官，敷陈明畅。明史久未成，特命为总裁。赐专敕，与元老同。三十六年（1697）告老还乡，康熙赐其居“松桂堂”匾额，遂以名其集。