经学
何绍基出入于阮元、程恩泽之门，通经史、律算,尤精小学，旁及金石碑版文字。他是近代提倡宋诗的重要人物之一。论诗主张“人与文一”、“先学为人”，而后直抒性情，“说自家的话”（《使黔草自序》、《与汪菊士论诗》）。他作诗“宗李、杜、韩、苏诸大家”，不名一体，随境触发，较为真挚为“宋诗派”重要倡导者之一。他有过讥刺时政的诗作，如《沪上杂书》“愁风闷雨人无寐，海国平分鬼气多”，对外国侵略者盘踞租界深为愤慨。但由于仕途挫折，性情拘检，他说“一切豪诞语、牢骚语、绮艳语、疵贬语，皆所不喜，亦不敢也”(《东洲草堂诗钞自序》)，而强调“温柔敦厚”的诗教。所以诗作大都是登临唱和、书画题跋及抒写个人生活感受，很少涉及社会政治内容，如《沪上杂书》感慨外国侵略者盘踞之类很少。他的山水诗善于以平实自然的语言白描客观景物,颇有特色，如《山雨》、《望飞云洞》等。
书法
何绍基的书法成就很高。各体书熔铸古人，自成一家。草书尤为擅长。何绍基的楷书取颜字结体的宽博而无疏阔之气，同时还掺入了北朝碑刻以及欧阳询、欧阳通书法险峻茂密的特点，还有《张黑女墓志》和《道因碑》的神气，从而使他的书法不同凡响。何绍基的小楷兼取晋代书法传统，笔意含蕴，行草书融篆、隶于一炉，骏发雄强，独具面貌。他的篆书，中锋用笔，并能掺入隶笔，而带行草笔势，自成一格。何绍基书法，早年秀润畅达，徘徊于颜真卿、李邕、王羲之和北朝碑刻之间，有一种清刚之气；中年渐趋老成，笔意纵逸超迈，时有颤笔，醇厚有味；晚年何绍基的书法已臻炉火纯青。济南大明湖历下亭楹联杜甫名句“海右此亭古，济南名士多”，即为他所书。历下亭东壁仍存其《重修历下亭记》石刻。
何氏精通金石书画，以书法著称于世。誉为清代第一。初习颜，中年博习南北朝书，笔法刚健，此期作品传世甚少。后致力分隶，汉魏名刻，无不深研熟密闭，临摹多至百本。偶为小篆，不顾及俗敷形，必以顿挫出之，宁拙毋巧。暮年眼疾，作书以意为之，笔轻墨燥，不若中年之沉着俊爽，每有笔未至而意到之妙。年尊望重，求书反多，故史年作品传世较多。尤以篆隶法写兰蕙竹石，寥寥数笔，金石书卷之气盎然。何氏博学多才，尤工于诗。有《东洲草堂集》。何氏晚年寓沪，卒于吴县，归葬长沙南郊石人冲。他是一位十分勤奋的书法家。他自己说：“余学书四十余年，溯源篆分。楷法则由北朝求篆分入真楷之绪。”何绍基早年由颜真卿，欧阳通入手，上追秦汉篆隶。他临写汉碑极为专精，《张迁碑》，《礼器碑》等竟临写了一百多遍，不求形似，全出己意。进而“草、篆、分、行熔为一炉，神龙变化，不可测已。”至今存临本仍然不少。中年潜心北碑，用异于常人的回腕法写出了个性极强的字。
博《息轲杂著》称其书“专从颜清臣问津，积数十年功力，探源篆隶，人神仙境，晚年尤自课甚勤，摹《衡兴祖》、《张公方》多本，神与迹化，数百年书法于斯一振。”平生作书，对联特多，而不是一般应酬之作，书作着力，书艺很高，被誉为“书联圣手”。著有《东洲草堂金石跋》、《东洲草堂诗·文钞》、《惜道味斋经说》、《说文段注校正》等。传世书迹甚多。《邓石如墓志铭》，书于同治四年（1865）。纸本墨迹。楷书。七开，每开纵30.6厘米，横30.3厘米。故宫博物院藏。何绍基的楷书从欧阳通《道因碑》入手，后又广泛地临写六朝碑版及颜真卿楷书等，于《张玄墓志》用功最多。何绍基的这件为邓石如所书的墓志，表现颜字端庄、开阔的正面形象。他主张从篆隶入手，自然解决“中怯”最好的途径。因而在技术上，他选择了回腕执笔法。何氏在写邓石如墓志时，已年近古稀，但他能有效地避开由于他技术上奇特而造成的线条颤动，使这件作品更含蓄一些。
诗词
何绍基是一位大书法家，但他的诗名为书名所掩。在晚清宋诗派中他是一位健将，擅于描绘山川。如其七律《元象》中有“石根水怒水根石，天外山惊山外天”一联，上句比喻人世风波之复杂、险恶，下句又展示人类进步之不可限量，耐人咀嚼。
何绍基为官，因言事降调，于是远离官场，周游各地，以书法著作自娱，晚年倦游，在长沙生活，与黄道让、王先谦、王闿运等人相唱和，成为长沙诗坛雅韵之一章。
《隶书七言联》 何绍基曾曰：“如写字用中锋然，一笔到底，四面都有，安得不厚？安得不韵？安得不雄浑？安得不淡远？这事切要握笔时提得起丹田工，高著眼光，盘曲纵送，自运神明，方得此气。当真圆，大难，大难！”，由此可见其对中锋的高度重视和深刻理解。
藏书
其父何凌汉（1772～1840）字云门，号仙槎，官至吏部、工部、户部尚书，曾收藏有北京朱筠的旧藏不少，建有藏书楼为“云腴山房”，收藏图籍万余卷，何氏藏书由此起源。至绍基时，南北藏书旧家，广为搜罗，一度藏书达到10万余卷，建有“云龙万宝书楼”、“惜道味斋”、“东洲草堂”。他既藏书又读书，考订有《礼经》、《水经注》，于《说文》考订尤深。校有《曝书亭记》。所藏书在辛亥革命后被变卖给长沙书贾谭厚坤，另一部分为叶启勋兄弟所收。著《惜道味斋经说》、《说文段注驳证》、《水经注勘误》、《东洲草堂诗文集》。
子何庆涵（1821～1892），字伯源，继承藏书，作有《眠琴阁遗文》。何氏藏书印先后有“何凌汉印”、“道州何氏云腴山房”、“东洲草堂藏书画记”、“何绍基鉴藏”、“猿叟”、“眠琴阁珍藏”等。