正面评价
丘逢甲少年得志，却弃官返台从事教育工作；已未割台时，他首倡独立抗日；内渡大陆后则献身推广新式教育，为国家培养元气。终其一生始终对国家抱有高度的期望，具有强烈的爱国情操。
丘逢甲的诗文曾获得诸多学者高度的评价：钱仲联曾评其《岭云海日楼诗钞》曰“七律一种，开满劲弓，吹裂铁笛，真成义军旧将之诗。”柳亚子谓“时流竟说黄公度，英气终输仓海君，战血台澎心未死，寒笳残角海东云。”梁启超则誉为“诗界革命巨子”、“天下健者”。
负面评价
1895年反割台运动期间，丘逢甲虽首先刺血上书反对割台，尔后却提前内渡，其前后言行不一，实际表现未尽理想，使后人稍有微词。连雅堂在《台湾通史》便作总评为“成败论人，吾所不喜，独惜其为吴汤兴、徐骧所笑尔。”丘氏内渡之际，有谓其挟带巨额公款而，但因无实据，亦有持不同意见者迄今仍无定论。