黄檗在洪州高安县鸶峰山建寺弘法，并改其名为黄檗山，往来学众云集，会昌二年(842年)裴休在钟陵(今江西)，迎请黄檗禅师上山，安置在龙兴寺，旦夕问道，并随录日常对话成集，为《钟陵绿》。大中二年(848年)裴休移镇宛陵(今安徽宣城县)，又请黄檗至开元寺，随时间道，并记绿为《宛陵绿》，即是现行的《传心法要》大中四年(850)圆寂于宛陵开元寺，赐谧号“断际禅师”，塔号。“广业”。有《语录》、《传心法要》问世。他的法嗣有临济义玄，睦州陈道明等十二人，以义玄为最。
黄檗希运禅师开创了临济宗禅风。临济宗风最为强劲，其禅法特色，影响久远，成为中国禅宗中波及面最大、渗透力最强的宗派。 先游天台，后至上都（西安），行乞时，遇一老妪，问答之间，希运“玄门顿而荡豁”。老妪介绍他至江西参马祖道一。至南昌道一已逝，乃瞻礼祖塔，遇百丈怀海于塔傍，乃参之。从此，投于怀海门下。据《古尊宿语录》卷二载，希运曾向怀海请问道一平日的机缘，怀海向他说起“竖拂”被喝、三日耳聋的一段公案：我再参马大师侍立次，大师顾绳床角拂子。我问即此用，离此用。大师云：“汝他后开两片皮，将何为人？”我取拂子竖起。大师云：“即此用，离此用。”我挂拂子旧处，被大师震威一喝，我直得三日耳聋。其时，希运闻是语不觉吐舌。怀海说： “子已后莫承嗣马大师去否？”运云：“不然。今日因师举，得见马祖大机大用。且不识马祖，若嗣马祖已后丧我儿孙。”海云：“见与师齐减师半德，子甚有超师之作。”希运见地高拔时辈，颇受百丈怀海的赏识。《景德传灯录》载有师徒二人初次见面的一段话：问曰：“从上宗乘如何指示？”百丈良久。师云：“不可教后人断绝去也。”百丈云：“将谓汝是个人。”乃起入方丈。师随后入云：“某甲特来。”百丈云：“若尔，则他后不得孤负吾。”
可以看出，怀海起初对希运不甚了解，持保留态度，后见希运见解超迈，便寄予厚望。从日后百丈怀海对希运的评价便可看出这一点：
百丈一日问师：“什么处去来？”曰：“大雄山下采菌子来。”百丈曰：“还见大虫么？”师便作虎声。百丈拈斧作斫势，师即打百丈一掴。百丈吟吟大笑便归。上堂谓众曰：“大雄山上有一大虫，汝等诸人也须好看，百丈老汉今日亲遭一口。”
希运于怀海处悟得道一大机大用，并得印可。后来希运回到黄檗山，“四方学徒，望山而趣，睹相而悟，往来海众常千余人。”会昌二年（842），希运被当时任钟陵（今江西进贤县）廉镇的裴休迎请至钟陵龙兴寺，躲过了会昌法难。大中二年（848）裴休移镇宛陵（今安徽宣城县），又迎请希运至开元寺，朝夕参扣，并记录其开示法语，辑为《黄檗希运禅师传心法要》和《宛陵录》。这是我们今天研究黄檗希运及早期临济思想的重要史料。裴休曾有诗赠希运：
自从大师传心印，额有圆珠七尺身。挂锡十年栖蜀水，浮杯今日渡漳滨。一千龙象随高步，万里香华结胜因。拟欲师事为弟子，不知将法付何人。
希运云：
心如大海无边际，口吐红莲养病身。自有一双无事手，不曾只揖等闲人。
于此可见希运见地风骨。希运在黄檗山开张门户，说法接人，四方学徒，海众奔凑，“自尔黄檗门风盛于江表。”大中年间，希运示化，谥号“断际禅师”。