陈琳的墓葬地点有多种说法：
一说墓在下邳。下邳即今邳州，汉魏时属徐州，为古战场之一。曹操曾联合刘备攻下邳，擒杀吕布，后曹刘反目，刘备占领下邳。此后曹操复得下邳，俘获关羽。陈琳被曹操俘获后，受到礼遇，一直从军。有人认为，陈琳既然不是自然老死，而是染疫死于军中，故可能葬于下邳。
一说墓在邯郸。邯郸临漳县城西有铜雀台遗址，当年曹家父子和竹林七贤在此直抒胸襟，慷慨任气，后世称为建安文学。曹操的去世和瘟疫的流行使得邺下文人风流云散，死者大部分葬于铜雀台西的曹操墓周围。唐人温庭筠拜谒陈琳墓时有“铜雀荒凉对暮云”之句，有人据此认为陈琳葬于铜雀台下。
一说墓在盐城。盐城有大纵湖，位于盐都区大纵湖镇。当地人说，二十四孝之一的王祥卧冰处、建安七子之一的陈琳之墓、扬州八怪之一的郑板桥教书馆等，均在湖畔。还说陈琳祖籍即在大纵湖镇，葬处为古射阳堤畔射阳村，在今流均沟西四里，并说发现过陈琳的墓穴。
一说墓在宝应。明清两代的《宝应县志》都记载，陈琳墓在县治东六十里射阳庄。《宝应图经》记载，《大明一统志》、《嘉靖惟扬志》、《乾隆江南志》等书均认为陈琳墓在宝应射阳村。只有蔡方炳《广舆记》说，江南宝应、湖广应城俱有陈琳墓。但是，陈琳作何进主簿时在洛阳，归袁绍时在冀州，归曹操时在邺下，应城不当有陈琳墓。