文学史对佺期公“又皆诌事太平公主、张易之等贵佞”这一说法与史实并不相符。《通鉴纪事本末》中670年到705年李唐王朝内部所发生的一切政事和宫庭之议，犹其是在武后当政和太平公主参政的30多年中，史事、政事、帏事所涉所记之人愈千，但直接提到沈佺期之处很少，只间接说过他与宋之问同为上元进士，同作协律郎和考功员外郎，同是当时著名宫庭诗人。宋因太平公主事受牵连，流放途中诏斩。至于结交张易之事更是只字未提，“又皆诌事太平公主、张易之等贵佞”一说何年何月出自谁人之口，已无考证。有一点需要说明的是太平公主、张易之案在当时是铁案，如佺期公真参与其事，睿宗时是不会平反的，因为此二人也是睿宗李旦的死敌。
但沈佺期在公元705年被流放灌州却是事实。为什么被流放了呢？究竟是什么原因？这两问于史可以不究，于沈氏族人，犹其是佺期公的后人，不考证清楚终是遗憾。作为佺期公之第49代孙，为族计，从公诗中也能找出一些沉冤不白的依据来。既然是考证，总还要有证据才能说明问题吧。 佺期公《被弹》一诗中首先就说“知人昔不易，举非贵易失。尔何按国章，无罪见呵叱。”这四句说得很明白，前两句是感叹语，大意是举人非贤，反受其诬。后两句是说他是被他曾经举荐的人弹劾和审讯的，而审讯他的人又不遵守当时法令，小人得势，把一些“莫须有”的罪名强加于他。接下来是说“少以文作吏，手不曾开律。一旦法相持，荒忙意如漆。”意思是说初入官场时他是为皇帝做应制诗的，以专业为主，并不懂得官场上的尔虞我诈，无端获罪，不知所措。是一种遭到打击后的反思。造成佺期公真正获罪下狱流放的原因按文字考证和分析有三条。一是年轻、性耿、才高、宠久，遭人妒嫉。佺期公很年轻时就中了进士，入了官场，为人耿介，不讲究为官之道，爱说直话得罪人，又因武皇时期经常跟侍皇亲国戚左右做诗，锋芒毕露，遭人妒忌。“平生守直道，遂为众所嫉”就是很好的例证；这样的事在今天都是屡见不鲜的，何况是在封建社会正繁荣昌盛的时期呢。“盛时无大事，朝臣各猜肄”历史上是不足为怪的。二是在做给事中或尚书任上犯了“后官不反前官耻”的禁忌，树了对头。按佺期公诗中自述，他是一个性守安静，生活谨严的人，在做高官时不收门生，不结朋党，缺少做高官的底层基础，对前任做错的事不蛮不隐，该纠即纠，该翻就翻，有点一意孤行，“任直翻多毁，安身遂少徒”就是说的这些。有一点可以看出来的，他得宠时得罪的人太多了，以至于遭到弹劾后朝中没有一个人出来为他说话，大多数人落井下石，正于他在诗中所说的“万铄当众怒，千谤无片实。庶以白黑谗，显此泾渭质。
他可能犯了官场众厌。三是遭受了池鱼之殃，做了宫庭政治斗争的牺牲品。值得一提的是，柬之政变、韦后干政、武则天卒这三件大事都是发生在神龙元年（705年）的1月、2月和11月，1月以后时年已82岁的则天武后就被迫移居洛阳上阳宫，她在长安的一批亲信旧臣遭到了全面的洗劫，佺期公也在洗劫之列。韦氏干政后，大肆捕杀武周人物，大“罪”者、证据确凿者多遭诏斩，余者下狱愈千之众。佺期公之所以未遭诏斩，是中宗下了一道圣旨对武周大臣不能滥杀，“圣旨垂明德，冤囚岂滥诛”是也；再就是因为所诬之人尚无确证。
综上所述，一、二原因只是表面现象，正真下狱的原因是第三个，那就是他所跟随的主脑人物（武皇）退出了历史舞台，而且是被逼退出的，新的权贵是不会放过旧时人物，何况韦氏又是一个报服心很强的恶毒女人，中宗在贬房州的路上曾跟韦氏有过承诺，一旦掌权，任韦氏参政议政，佺期公是武皇时期的宠臣，武皇对韦氏一向看不起，她俩虽然是婆媳关系，但主要的还是政敌关系，韦氏能放过武皇时的宠臣佺期公吗？显然不能。有人弹劾他有此劫，无人弹劾，他仍难逃此劫。
与佺期公同时受到牵连的家人有两个年幼的儿子和两个哥哥、三个弟弟。他在狱中受尽了折磨，经常遭到狱卒用刑，狱中环境很差，臭虱横行，三天不能吃上一餐饭，两个月没有梳头。时值盛夏，又得了疟疾，差一点被折磨死了。但是因沉冤不白，意有不甘，洗冤雪耻的决心支撑着他挺过来了。公元705年秋，他从长安出发，经四川、湖南、云南辗转了一年的时间，才到达贬地灌州（今越南北部），他在流放之地生活了五年，公元710年接到平反通知从灌州北上，711年到达长安就任新职，做了个闲官，他写的《回波辞》说得很清楚“回波尔时佺期，流向岭外生归。身名已蒙齿录，袍笏未复牙绯。”