天道思索
程朱理学是以理作为最高范畴，理无所不包，无处不在，是天地万物的本原，刘因继承了程朱的理本论思想，并在此基础上形成了他的天道观。
刘因认为，理是天地万物的本体，天地万物皆由理所生，万物形体消灭后又复归于理。宇宙天地之中，只有一个共同的理，即天理，具有天地万物之本原的涵义。刘因关于理的阐释，不仅言明理具乎乾元之始 ，是先于具体事物而存在的独立的本体，而且强调理存在于天地万物之中。在刘因的思想中，理既是一种超然的神秘实体，又是万物产生、变化的根据，体现在万物之中，并主宰万物。
程朱论道 ，不同于老庄，他们是以理为道。 在刘因这里， 道是与理同一的范畴。刘因以道为宇宙万物的本体和生产万物的本原。刘因并不是孤立地论道，而是从道与物的关系中释道的，刘因坚持物以道为体，舍道则物无所依据的思想。显见，这个道只能是一种抽象的绝对本体。
天人合一
刘因把“化”（宇宙间的化育）区分为“天化”（天地的化育）和“人化”（人群的教化）。天化表现为阴阳五行运行于天地之间的自然界的秩序、生成万物、繁衍生息、绵延不绝、运动不停；人化则表现为五伦为代表的纲常伦理所维系的社会秩序。他认为，这种社会秩序是与自然秩序完全相符合的，而要由圣人来完成。天化人化的根源都是“天”，天化的理在世界一开始就已具备，人化的理则是在人类产生之后才出现的。
刘因由“天化”引出“人化” ，并认为 “人化”源于“天化”，主张“天人合一”。在刘因看来，人伦物理，皆来源于天地造化自然之理。刘因强调要顺天化，尽人道，主张事在人为，不要因为“时运”的变化而放弃自己的努力、无所可为。.天道，主要指自然规律（也有某些神秘意味）；人道则指社会制度、伦理规范、政治措施等。刘因认为，这二者是合一的、一致的。天道是人之行事必须遵循的至理，又是人事最终成败的关键。人性由天道所决定，人心又是人性的枢机，只有做到人心、人事暗合于天道，才能成功。
刘因所谓 天人合一 ，就是以天道为依据，为准则，要人道合于天道。从本体上讲，天道是人道的根本，即自天而人；从作用上说，必须用人道去符合天道，即自人而天。圣人根据天道来确立人道，是天道的体现者和人道的完成者，所以说圣人是兼体用的。无论是自然还是社会，违反了天人合一的原则，就会出乱子；实现了天人合一的原则，一切就都会有良好的秩序。刘因的这些说法，表明了他为解释天人关系所做的努力。他主张的天道不可违反说，具有一定的合理因素；他强调的执天之行说，也没有忽视人的主观能动作用；但他以人事比附自然，突出圣人的作用，则不免有些牵强。
观物思想
观物是北宋邵雍的哲学用语，其主要哲学著作有《观物内篇》、《观物外篇》。其所谓观，既指感官对外物的认识，又指心灵的体认和理性的反观。因此，观物是有不同层次的，既有认识论意义，又有方法论意义，尤其指一种修养境界意义。刘因对观物说十分欣赏，直接提出观物的诗就很多，表达的都是一种感受（受用意境。
刘因在《退斋记》中谈到道与物的关系，他坚持物以道为体，舍道则物无所依据的思想。他所讲的物是指有形可见的客观事物。对这种物的实在性、真实性，刘因在认识上表示怀疑，进而认为由于人们对外界现象的认识是不真实的、不可靠的，所以人们不能认识物的本来面目，应当放弃对客观事物的认识。
刘因把观物作为一种修养境界、一种思想方法来运用，因而常表现出一些辩证色彩，刘因讲到过事物矛盾对立的普遍性问题。坚持朴素的辩证观是中国古代哲学的优良传统，宋代理学诸大家在这方面亦做出了杰出贡献，如张载讲一物而两体，程颐讲动静无端，阴阳无始，朱熹讲凡事无不相反以相成，都是很精彩的。刘因这一思想正是对这一优良传统的继承。
心性修养
刘因认为，太虚之气（即元气）是万物之根源，因而也是人性之来源。人性善恶，取决于“阴阳”二气。气有刚柔，禀而为性，刚柔各有善恶，因而人性分为四种类型。在这里，刘因是用物质性的气来说明人性之善恶的。他认为善恶来源于阴阳二气，而不是来源于理，也不是心。因此，他的人性说既不同于程朱的“以理为性” ，又不同于陆九渊的“以心为性”，他用气来说明人性。
刘因强调“无待于外 ，自求本心”的求理方法。刘因强调养气持守、不动心。这种不动心，基本上是沿袭周敦颐的“主静” 到程颢的“居静”方法。不过周敦颐不是主张弃物求静，而是主张遇物识物，以达到不为物诱。而刘因则视物若无，主张涵养自守，使气不暴于外。而要做到这一点，关键是“不动心”。这样一来，不仅我遇物相忘 ，而且物遇我，一如相忘。
象数思想
“象数”是用“象”和“数”解释《周易》的一种学说。“象”指卦父的象征意义，如乾坤分别象征天地、君臣、男女、君子小人、刚健柔顺等等。数指卦爻所表现的数量关系，有天数、地数、天地之数、等说法。“象”“数”是《易大传》中固有的概念，西汉时期形成系统的象数理论，终东汉之世，易学中象数派占主流。魏晋时期，以王弼为代表的义理派兴起，倡导得意忘象之说，一扫象数而只谈义理，象数之学遂一蹶不振。宋代理学兴起，周程张朱诸大家，虽都以义理为主，但对象数之学也有一定继承。
刘因探讨了有关河图的一些问题。朱熹写的《周易本义》一书，有很高的权威性，本该有廓清的作用，但在元代初年，种种不同的说法仍然存在，并有一定影响。刘因维护朱熹的观点，对于纷纷然的种种议论，持明确的批判态度。刘因还探讨了太极图的作者问题，刘因认为周子的太极图是自己的创造，但对于邵雍之学，则承认是发于陈传。他在这方面的学术批评，对于宋元之际污漫的学术空气，具有一定的澄清净化作用；对于保护和延存传统文化也具有一定的意义。