总评
嘉靖帝是一个颇具争议的皇帝，在他执政的前二十年中颇有作为，以不因循守旧的革新精神开创了中兴局面；但在嘉靖二十一年之后日益腐化，朝政日坏，局势动荡不堪。嘉靖帝是个极其聪明并且自信的皇帝，而且有些自大狂妄，但却十分小气，又喜欢乱花钱，也很要面子，能与之打交道的，也只有徐阶、严嵩这类的官场老手。
嘉靖帝治国与为政，诚如不少学者、研究者所指出的，有许多劣迹，如大礼议杖笞群臣、崇奉道教并祸及自身、寻兴大狱、误用佞臣、刚愎自用、荒淫残暴等，但也不能不看到他顺应历史潮流、敢于打破传统、体恤士农工商、有利社会发展的一面，还应当看到，他的时代的许多建筑，如北京的天地日月四坛，钟祥的明显陵、元佑宫等，至今仍显现着劳动人民艺术创造的风采，为文化的发展做出贡献。
史书上都会说嘉靖帝几十年不上朝，宠信“青词宰相”严嵩，奸人当道，国事日非。二十几年不上朝是真，但不上朝并不就是不管事。嘉靖帝在西苑修道的同时坚持亲自批阅奏疏，始终牢牢掌控着一切大权。嘉靖朝的外患严重，北方蒙古侵扰连绵，甚至在嘉靖二十九年包围了北京，朝野震动。而东南沿海又有倭寇肆虐，南北夹击之下，朝廷一片忙乱。嘉靖帝忧而不惧，分别拣选重臣应对南北的侵扰，对地方大员既付以大权又责以重任。官员把事情办好了便升官加赏，毫不吝惜，若是稍有差池，更是毫不手软，直接逮回北京下狱论死。从结果上来看，在嘉靖末期，南北方的纷扰基本停息。严嵩虽然当权二十几年，但只要嘉靖帝出手，一道饬令就让严嵩丢官回家，连亲生儿子都保不住，其他的督抚尚书人等，嘉靖帝更是将他们玩弄于股掌之间。
嘉靖帝和他父亲读圣贤书却是到了痴迷的程度，在历史上还是不多见。这也可与他在礼仪之争时的强硬态度联系起来，除了与前朝老臣争权的因素之外，嘉靖帝更在乎的是要为他敬爱的父母争名分，因此他不顾自己势单力薄，在群情汹涌之中，毅然要为自己父母争得更为尊荣的地位。嘉靖帝是个十足的孝子，但他逞一己的私孝而不顾天下公义，终究太小气太狭窄，有违宽阔浩荡的为君之道，后人说他是“中材之主”，似可认作确论。
后世的史家说嘉靖除了他自己和他父母，他没有爱过任何人。在四十五年的统治中，杀大臣杀言官，他毫不留情，连后宫中都到处弥漫着他的强横。嘉靖帝与儿子们的关系也说不上融洽，他一直到死都没有立太子。可以说在他父母去世后，嘉靖帝已经没有可以温馨相处的人。每逢节日和他父母的忌辰，嘉靖帝总要屏退众人，向父母的灵位长跪，流泪默祝，神情惨楚，让偷偷窥见的宫女也为之动容，也只在这时，刚强的皇帝才显出骨子里的些许温情与脆弱。
正面评价
嘉靖帝统治前期，出现“嘉靖中兴”的局面。
政治上打击权臣和封建地主贵族势力，总揽内外大政，皇权高度集中，积极改革，推行新政，裁抑司礼监的权力，撤废镇守太监，严肃监察制度，严分厂、卫与法司职权，重视任用张璁、夏言等贤臣。
经济上严革贪赃枉法，清理勋戚庄田，鼓励生产，重新整顿赋役，赈济灾荒，体恤民情，资本主义萌芽兴起。
文化上改革科举之弊，改正孔子称号和典祀，文化和科技空前繁荣，优秀文学作品和杰出人物大量涌现。
军事上整顿军队团营，守兵东南，阻挡倭寇入侵。
负面评价
嘉靖帝统治后期，日渐腐朽，不仅滥用民力大事营建，而且迷信方士，尊尚道教。
嘉靖二十一年后更是移居西苑修玄，日求长生。首辅严嵩专国20年，吞没军饷，吏治败坏。
边事废弛，倭寇频繁侵扰东南沿海地区，造成极大破坏。
在长城以北，蒙古鞑靼部首领俺答汗不断寇边，二十九年甚至兵临北京城下，大肆掠夺。在嘉靖年间，南倭北虏始终是明王朝的莫大祸患。
在用人上 ，嘉靖帝“ 忽智忽愚”、“忽功忽罪”，态度变化很大，对于权力把握很强，对于文官集团控制也很强。功臣、直臣多遭杀害、贬黜。
晚年嘉靖帝疏远严嵩，起用徐阶为内阁首辅，国家才再次走上了正轨。
历代评价
当年明月：他是明代有史以来最为聪明的皇帝，在明代的十几位皇帝中间，如果要按智商水平排序，他至少在第三名，他的聪明，丝毫不比朱元璋差，而且非常狡猾，也善于控制大局；嘉靖白天是在潜心修道，晚上他在改奏章，这是他能控制群臣的关键。晚上改奏章直到凌晨五点，他才躺下睡一会儿，他决不放过任何一个控制群臣的机会。自古以来做皇帝的是有蠢人，但明代没有蠢皇帝，嘉靖修道是为了多活两年，因为他掌握了做皇帝的规律，没有人能动摇他，这是修道的根本。