家世
祖父：宪宗纯皇帝朱见深
祖母：孝惠皇后邵氏（追尊）
父：（追尊）睿宗献皇帝朱祐杬
母：（追尊）慈孝献皇后蒋氏
后妃
皇后（4位）
孝洁肃皇后，陈氏，原配妻，流产血崩而死。初谥悼灵，后改谥曰“孝洁恭懿慈睿安庄相天翊圣肃皇后”，合葬永陵，祔庙；
废后张氏，初为顺妃，陈皇后死，继立为皇后。后来废死冷宫。无谥；
孝烈皇后，方氏。嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，封德嫔，晋德妃。嘉靖二十七年在坤宁宫大火中遇难。谥曰“孝烈端顺敏惠恭诚祗天卫圣皇后”，世宗遗命祔庙，但穆宗以孝洁元配故，未祔太庙，移主弘孝殿，葬永陵；
孝恪皇后，杜氏，明穆宗生母，嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，封康嫔。晋康妃。崩，谥荣淑康妃。穆宗即位，尊谥曰“孝恪渊纯慈懿恭顺赞天开圣皇后”，迁葬永陵，祀主神霄殿。
皇贵妃（3位）
阎贵妃（？--1541），嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，封丽嫔。嘉靖十二年八月生皇长，十三年晋丽妃，十五年晋贵妃，十九年病死。
赠皇贵妃，谥曰荣安惠顺端僖。世宗对她母子二人的去世颇为伤感，在当年晋封了所有为他生育子女的后宫妃嫔。与王贵妃、郑贤妃等六位妃子、二位太子合葬于明十三陵的“世宗贤妃墓”。
王贵妃（？--1553），嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，封庄嫔，十五年生皇次子，晋昭妃。十八年因儿子立为皇太子，次年正月晋为皇贵妃。三十一年太子病故，次年她亦死，推测年40岁上下。谥曰端和恭荣顺温僖；葬于明十三陵陵区内，即“世宗贤妃墓”。
沈贵妃（？--1581），嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，封僖嫔。晋宸妃、晋贵妃，十九年正月封皇贵妃。抚养曹端妃的第二个女儿宁安公主。万历九年病死，年60多岁，谥曰庄顺安荣贞静皇贵妃。葬于悼陵。
贵妃（3位）
马贵妃，谥曰荣安贵妃。生平不详，封号见于《明书》；
文贵妃，入宫时间不详，初封敬妃，后于嘉靖四十五年（1566年），世宗六十大寿前二日（一说前三日）晋封贵妃，与尚寿妃同时册封。其父加封指挥同知。于万历年间去世，谥曰恭僖贞靖贵妃，葬悼陵。资料见《万历野获编》卷29、卷30 。
周贵妃，生平不详。《世宗嘉靖实录》卷241载：嘉靖十九年九月甲寅"葬贵妃周氏于孝洁皇后陵次"，推测她最迟在嘉靖十九年就已经去世。葬于明十三陵“世宗贤妃墓”。
妃（41位）
（一）以下17位妃，见《明史》、《明书》、《国榷》、《世宗实录》、《昌平山水记》、《宛署杂记》等史料：
文恭妃（？--1532），她是嘉靖元年朝廷为世宗皇帝大婚、在民间大规模选美时的前三名，封恭妃。后因罪被软禁。十一年忧伤而死，世宗下令葬礼一切从简。谥曰悼隐恭妃。
郑贤妃，嘉靖十年三月册选的“九嫔”之首，封贤嫔。十五年死，约20岁出头。谥曰怀荣贤妃。葬于明十三陵陵区内，即“世宗贤妃墓”。
沈安妃，嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，为安嫔。十五年进封为安妃，无出，卒年不详。（参见《明书》、《宛署杂记》）
卢靖妃，嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，为和嫔。十六年生景恭王朱载圳，晋靖妃。她在万历年间以高龄去世，葬于悼陵
曹端妃（？-1542），生常安公主、宁安公主。嘉靖二十一年十月发生“壬寅宫变”，她受诬陷，被方皇后借机以凌迟酷刑处死。
尚寿妃（1549-1610)，原为宫女。嘉靖四十年13岁时被皇帝临幸，是世宗晚年很得宠的妃子之一。嘉靖四十五年，世宗和她玩过家家，在帐子里放焰火，结果引起火灾，把毓德宫给烧了，但皇帝没有怪罪她，还于当年八月册封她为寿妃。几月后世宗亦病死，舆论因此把皇帝的死归罪于她。她死于万历三十八年，年62岁。
杨荣妃（？-1566），原为宫女，得世宗临幸，还未及册封，她就在嘉靖四十五年的大火中为保护皇帝和尚寿妃遇难。追赠为荣妃，谥曰恭淑安僖荣妃，葬礼按皇贵妃规格的四分之一办理，葬于明十三陵陵区内的“世宗贤妃墓”。其父兄皆得恩赏；
江肃妃，嘉靖十五年封恭嫔，次年生颍殇王朱载（土啇)，十九年晋肃妃。
包宜妃，生平不详。《明穆宗实录》隆庆三年九月记载“己卯，世庙懿妃赵氏薨，命治丧礼仪杀宜妃包氏三之二。”据此推测她最迟在隆庆三年（1569年）已经去世。
赵懿妃（？--1569），嘉靖十六年生皇六子戚怀王朱载沴，十九年晋懿妃。隆庆三年九月病死，不知何故，明穆宗严令她的葬礼从简，其规模只有包宜妃的三分之一；
陈雍妃（？--1586），嘉靖十六年封雍嫔，八个月后生蓟哀王朱载㙺。十九年晋雍妃，次年生归善公主。万历十四年去世。
马贞妃，嘉靖四十五年六月薨，赐谥曰荣安。葬天寿山之陵次，丧葬礼仪同阎贵妃。史料见《昌平山水记》。葬于明十三陵陵区内的“世宗贤妃墓”。
赵荣妃，生皇八子均思王朱载（土夙)，其他事迹不详；
张德妃，生嘉善公主，谥曰荣昭德妃；
杨淑妃，谥曰端静恭惠淑妃。
王丽妃，谥曰恭僖丽妃。
徐永妃，谥曰端惠永妃。
（二）以下24位妃子的名号见《宛署杂记》或《明书》，葬于北京西郊的金山妃子墓，生平谥号不详：王靖妃、于宜妃、宋宜妃、王宸妃、褚晏妃、褚静妃、张常妃、王庄妃、彭安妃、杜庄妃、王康妃、张和妃、高和妃、高安妃、张安妃、王徽妃、张淑妃、王贞妃、陈静妃、王怀妃、何睦妃、耿平妃、吴定妃、李顺妃。
嫔（31位）
（一）嘉靖十年三月二日，嘉靖帝欲仿古礼为九嫔之选，在民间选美，册选如下九嫔：郑氏为贤嫔、方氏为德嫔、王氏为庄嫔、阎氏为丽嫔、韦氏为惠嫔、沈氏为安嫔、卢氏为和嫔、沈氏为僖嫔、杜氏为康嫔，时年在14－18岁之间。其中的8人后来分别晋为皇后、皇贵妃、妃，只有1人未得晋封。
韦惠嫔，嘉靖十年三月册选的“九嫔”之一，事迹不详。
（二）如下6嫔，名号见《国榷》：
王宁嫔（？--1542），入宫途径、封嫔时间不详。据说她是嘉靖二十一年“壬寅宫变”的主谋之人（待考证），被方皇后下令凌迟处死。
李敬嫔，由其父自荐、未经挑选而直接入宫，嘉靖十四年二月册为敬嫔，无出；嘉靖二十四年九月，其妹又被哥哥献入宫，位份不详。
赵荣嫔；卢靖嫔；江恭嫔；任顺嫔。
（三）如下25嫔，俱葬金山。名号见《宛署杂记》 县始坟墓：庄嫔王氏、惠嫔韦氏、常嫔陈氏、常嫔李氏、裕嫔王氏、怀嫔王氏、御嫔黄氏、宛嫔赵氏、常嫔马氏、常嫔刘氏、常嫔杨氏、常嫔张氏、康嫔刘氏、常嫔傅氏、常嫔张氏、常嫔刘氏、昭嫔张氏、常嫔武氏、宁嫔郭氏、静嫔田氏、安嫔孟氏、丽嫔宋氏、和嫔任氏、常嫔高氏、常嫔王氏。
子女
皇子
长子朱载基（1533－1533）（《弇山堂别集》作朱载填），是明世宗朱厚熜庶长子，母阎贵妃。朱载基在嘉靖十二年八月十九日出生，两个月后十月十日去世，追封谥号哀冲太子，葬西山。
二子朱载壡（1536－1552），是朱厚熜庶次子，母王贵妃。朱载壡在嘉靖十五年出生，嘉靖十八年立为太子，嘉靖三十一年去世，年十七岁，追封谥号庄敬太子，葬西山。
三子朱载垕（1537－1572），母杜皇后，封裕王，后继位为皇帝，即明穆宗；明穆宗朱载垕为明朝第十二位皇帝。明世宗病死后继位。其母亲杜康妃失宠于世宗，且其又非长子，所以很少得到父爱。登基前的内忧外患使他关心朝局，对他登基后处理政务有着较大的影响。倚靠高拱、陈以勤、张居正等大臣的尽力辅佐，实行革弊施新的政策。但因为沉迷媚药，也服这些媚药助兴，导致不理朝政。朱载垕在位6年，因病去世，终年36岁。庙号穆宗，谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝。葬于十三陵昭陵，后传于位朱翊钧。
四子朱载圳（1537—1565），与明穆宗朱载垕同岁，仅小一月，母靖妃卢氏。嘉靖十八年（1539年）被封景王，嘉靖四十四年正月死于德安（湖北安陆）王府，无子撤藩，谥恭。
五子朱载?（1537－1538），母江肃妃，出生一天就夭折，死后追封为颍王，谥曰殇。
六子朱载<戞斗土>，母赵懿妃，封戚王，谥戚怀王。
七子朱载㙺，母陈雍妃，封蓟王，谥蓟哀王。
八子朱载<土夙>，母赵荣妃，封均王，谥均思王。
公主
常安公主（1536－1549）朱寿媖，曹端妃所生。嘉靖十五年八月戊戌日生，九月十五日嘉靖帝赐名寿媖。嘉靖二十八年七月去世，终年十四岁，未下嫁，嘉靖帝为此辍朝一日，诏治丧如归善公主例。
思柔公主（1538—1550）朱福媛，母王徽妃，逝于明世宗嘉靖二十八年，年仅十二岁，逝世后追封为思柔公主。
宁安公主（1539-1607）（《国榷》作成平公主）名朱禄媜，明朝公主，明世宗朱厚熜第三女，曹端妃所生，后母沈贵妃。在母亲曹端妃死后，朱禄媜由庶母沈贵妃抚养成人。嘉靖三十四年，公主下嫁李和，生子李承恩。后累进大长公主。有同母姐妹常安公主朱寿媖。
归善公主（1541－1544）朱瑞嬫，母陈雍妃。嘉靖二十年正月六日生，二十三年薨，年四岁。追册，葬祭视太康公主（朱秀荣）。
嘉善公主（1541—1564年）朱素嫃，明世宗女，母德妃张氏。明世宗嘉靖三十六年，公主下嫁许从诚。公主逝世于嘉靖四十三年。