戏曲整理及其他冯梦龙作为戏曲家，主要活动是更定传奇，修订词谱以及在戏曲创作和表演上提出主张。至于冯梦龙创作的传奇作品，传世的只有《双雄记》和《万事足》两种，虽能守曲律，时出俊语，宜于演出，但所写之事，缺少现实意义。冯梦龙之所以重视更定和修谱工作，在于他看到当时传奇之作，“人翻窠臼，家画葫芦，传奇不奇，散套成套”(《曲律序》)的现象严重。为了纠正这种弊端，使之振兴，于是主张修订词谱，制订曲律，以期“悬完谱以俟当代之真才”(同前)。同时提出“词学三法”，强调调、韵、词三者不应偏废。在冯梦龙看来，一部优秀剧作，应该情真意新，韵严调协，词藻明白，文采斐然，案头场上，两擅其美。冯梦龙正是在这种主张驱使之下，从事传奇更定工作的。冯梦龙更定的作品达数十种之多，现可考者有17种，其中颇有不少名作，如汤显祖的《牡丹亭》、《邯郸梦》，袁晋的《西楼记》，李玉的《一捧雪》、《人兽关》和《永团圆》，《占花魁》，以及《精忠旗》等。在更定过程中，冯梦龙强调关目的真实自然，合乎情理，突出中心，反对枝蔓。更定的《精忠旗》，便是以慷慨大节为主脑，突出岳飞忠君爱国和将士人民对他的爱戴。他还注重人物性格的多侧面刻画，使之生动鲜明。以更好地发挥“传奇之衮钺”的作用。在他更定的《酒家》中，就曾给各种人物以不同的个性特征，“虽妇人女子，胸中好丑，亦自了了”（《酒家序》）。对于音律，见原作落调失韵处，冯梦龙也总是按谱加以修改，以便于演唱。他要更定汤显祖《牡丹亭》的原因，便是认为这部具有无限才情的杰作，只是“案头之书，非当场之谱”（《风流梦小引》），冯梦龙更定的《牡丹亭》，与汤显祖原著的意趣，虽有所差异，但也的确使之便于用昆腔演唱。
《春香闹学》、《游园惊梦》、《拾画叫画》等著名昆曲剧目，便有采用冯梦龙定本的地方。冯梦龙更定传奇的工作，对于纠正创作脱离舞台的案头化偏向，繁荣明末戏曲，起了一定的积极作用。
在戏曲表演艺术方面，冯梦龙也有不少精湛之论。他在《双雄记序》中提出，“歌者”必须识别调的宫商，音的清浊，不能“弄声随意”、“唇舌齿喉之无辨”。在更定传奇的眉评中，也时时“提示”演员，何处是“精神结穴”处，戏要做足；何曲演时不宜删略。要求演员应认真领会角色的思想感情，气质风度，以及其所处的艺术环境，演出神情和个性来。这表明冯梦龙在有意地探讨表演艺术的规律，并从理论上作了一些总结。
冯梦龙的散曲集《宛转歌》和诗集《七乐斋稿》，均已失传。从残存的数十首作品中可以看出，其散曲多“极摹别恨”之作。他的诗以通俗平易见长，虽不成诗家，但亦有可观之作。如在知县任上写的《催科》，其中便有“带青□早稻，垂白鬻孤孙”之句。正如钟惺所评：“下句更惨。二语出催科吏之口中，亦无可奈何之极矣。”（《明诗归》卷七）
此外，冯梦龙还曾参与校对精刻《水浒全传》，评纂《古今谭概》、《太平广记钞》、《智囊》、《情史》、《太霞新奏》等，并有笑话集、政论文等十余种传世，还撰有研究《春秋》的著作《麟经指月》。
明代文学是以小说、戏曲和民间歌曲的繁荣为特色的。小说、戏曲方面，颇有一些大作家，但在小说、戏曲、民间歌曲三方面都作出了杰出贡献的，明代唯冯梦龙一人而已。