当时的北京大学，有名的教授，大多出之于章太炎的门下，如：黄侃、朱希祖、钱玄同、周树人（鲁迅）、沈兼士等。章太炎为人戏谑，以太平天囯为例，封黄侃为天王，汪东为东王，朱先生为西王，钱玄同为南王，吴承仕为北王。当年二十七岁的胡适独树一帜，在大师环伺的北京大学，教起《中国哲学史》，其讲义《中国哲学史大纲》颇多沿袭章太炎在《国故论衡》下卷“诸子学”诸篇的观点。胡适实为章太炎中年以前学术衣钵的继承者。但此时章太炎本人的学术已经有所转向，故对胡适的中国哲学史研究不甚满意（参见章太炎《与柳诒徵书》）。胡适则在《五十年来中国之文学》(1922)中说：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救古文学的必死之症， 仍旧不能做到那‘取千年朽蠹之馀，反之正则’的盛业。”
梁启超《清代学术概论》（1922）称章太炎为清学正统派的“殿军”。
鲁迅在1936年临终时回忆其师章太炎：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志终不屈挠者，并世亦无第二人。这才是先哲的精神，后生的楷模。”强调其革命精神和思想深度，而相对忽略其学术业绩，奠定了中华人民共和国建立以至1980年代大陆评价与研究章太炎的主调。