法规制度
海瑞曾根据他在淳安的经验写《兴革条例》，谈论该地区的管理问题。
海瑞就任应天巡抚之后，立即颁布《督抚宪约》，规定巡抚出巡各地，府、州、县官一律不准出城迎接，也不准设宴招待。考虑到朝廷大员或许仍须稍存体面，他准许工作餐可以有鸡、鱼、猪肉各一样，但不得供应鹅和 黄酒，而且也不准超过伙食标准。这个标准是：物价高的地方纹银三钱，物价低的地方两钱，连蜡烛、柴火等开支也在上述数目之内。
海瑞在应天推行一条鞭法：将过去按地、户、丁分别征收实行、征发徭役的赋役制度，改为按土地、人丁征收货币与白银；将过去由纳税户轮流征收解运改为官府自行征收解运。把田赋、力役和其他杂税合编为一条，统一按田亩核算征收。原来按丁户征役的办法一并改为摊入田亩。
在对待契约问题上，海瑞不顾明代法律规定与当时的国情，要求争议的解决必须以书面契约为依据。因为当时农民间是很少使用书面契约来发生借贷关系的，致使法律的执行陷入了进退维谷的两难境地。海瑞所批准赎还的仅占全部典押借贷案件的二十分之一。在海瑞的治下，佃户不敢向业主交租，借方不敢向贷方还款。
清廉作风
海瑞的清廉，甚至达到了不近人情的地步。按照当时官场的风气，新官到任，旧友高升，总会有人来送些礼品礼金，以示祝贺。这些礼品礼金只要数额不大，也是人之常情。然而海瑞公开贴告示说“今日做了朝廷官，便与家居之私不同”。然后把别人送的礼品一一退还，连老朋友贺邦泰、舒大猷远道送来的礼也不例外。至于公家的便宜，更是一分也不占。海瑞临终前，兵部送来的柴金多算了七钱银子，他也要算清了退回去。
断案技巧
在断案技巧上，海瑞不能明察秋毫，料事如神。对于那些疑案，他不是慎重调查，而是“与其冤屈兄长，宁愿冤屈弟弟；与其冤屈叔伯，宁愿冤屈侄子；与其冤屈贫民，宁愿冤屈富民；与其冤屈愚直，宁愿冤屈刁顽”。
在争产业的案件中，“与其冤屈小民，宁愿冤屈乡宦”；在争言貌的案件中，“与其冤屈乡宦，宁愿冤屈小民”。