《明史》中说海瑞是琼山人，但没有具体民族记载。于是，关于海瑞是什么族的问题有三种说法：一是回族说；二是回族血统汉化说；三是汉族说。
一、回族说
1957年上海人民出版社出版《海瑞》书中考证说：海姓在中国古代汉族中极为罕见，仅唐代有一海鹏，而根据海答儿这个姓名，属回族的可能性很大，波斯十四世纪有一地区长官，即名海答儿，元代也有好几个海答儿，都是回族。因此，一般认为海瑞是回族人。
对海瑞族属最新的介绍，有2000年6月南京市伊斯兰教协会编印的《南京回族伊斯兰教史稿》，此书由伍贻业（中国伊斯兰教协会第七届委员会副会长）主编。
另外，光明日报于1959年11月26日曾有一专文，题目是《海瑞是否回族》，作者佩之。文中说：“明代政治家海瑞，据说出于回族。
二、回族血统汉化说
《粤东正气海瑞》一书说：如果说海瑞的祖先海答儿为回族人，海瑞本人则是回汉血统通婚的后裔。
三、汉族说
这类说法主要根据：《明史·列传第一百十四》总督胡宗宪尝语人曰：“昨闻海令为母寿，市肉二斤矣。”来推断。