阮元一生广引学者，普及文化，以整理、刊刻、收藏图书、振兴学术为己任。主编《石渠宝籍》2编，所见内府秘藏书画，遂记题跋并辨别真伪，作《石渠随笔》，为鉴赏家所推重。抚浙时，在杭州创立“诂经精舍”，纂辑《经辑纂诂》一书，集我国训诂学资料之大成。又搜集图书。藏于灵隐寺，设“灵隐书藏”。后又于镇江设“焦山书藏”。作《杭州灵隐书藏记》、《焦山书藏记》、《焦山书藏书目》，并亲自参与修订《书藏条例》，具有近代图书馆之性质，然而仍偏重保藏。在广州创立“学海堂”，汇刻《学海堂经解》1 400卷。刊刻有《宋本十三经注疏》。精于鉴别，工金石考证，编著《山左金石志》、《两浙金石志》、《两浙輶轩录》、《皇清碑版录》、《淮海英灵集》、《积古斋钟鼎彝器款识》、《经籍纂诂》等。主修《浙江通志》、《广东通志》等。家藏书极富，藏书楼名“文选楼”、“石墨书楼”、“琅环仙馆”、“积古斋”、“揅经室”、“唐宋旧经楼”、“节性斋”等。藏书印有“雷塘盫主”、“亮功锡祜”、“墨庄藏书印”、“体仁阁大学士”、“五云多处是仙台”、“积古斋藏研处”、“扬州阮氏琅环仙馆藏书印”、“谱研斋著书处”、“泰华双碑之馆”、“家住扬州文选楼隋曹宪故里”、“阮氏伯元”等数十枚。晚年编《文选楼丛书》，收书30余种，大半为自著书。著《揅经室集》、《畴人传》、《广陵诗事》、《定香亭笔谈》、《十三经校勘记》、《小沧浪笔谈》等。