王恽的谏政，受到了元世祖的器重。至元二十八年(公元1291年)，忽必烈专门将他传至京城召见。他又上万言书，提出“改旧制，黜赃吏，均赋役，擢才能”的建议，顺应了忽必烈“祖述变通”的建国思想，对推动统一多民族国家的历史发展有着积极的意义。为此，忽必烈亲授他为翰林学士。
王恽任职从政期间，时常忧国忧民，他把历代明君贤相勤劳思政、治国安邦的经验和事迹系统整理成章，用“顺谏”的方式，奏疏给尚未登基的皇太子参阅。裕宗真金非常赏识他的这种见解，除自己学习外，还将《承华事略》各篇发给皇孙们传读。裕宗真金早薨，他的儿子成宗铁木真即位。王恽给成宗皇帝敬献的供物不是玉帛、珠宝，而是他论述的《守成事鉴》十五篇，表现出忠心事主的一片赤诚。因此，成宗又加封他为通议大夫，知制诰。并委托他同赵孟頫等人纂修《元世祖实录》。
大德八年(公元1304年)六月，王恽在汲县去世，终年七十八岁。朝廷的钦差大臣在汲县看到他的故居依然是茅屋陋室，清贫如民。其儿孙们田园生涯，耕稼自给，便如实奏明圣上。皇上赐钞万贯，赠翰林学士承旨资善大夫，追封太原郡公，谥号“文定”。子孙荫封受禄。家乡人民也把他少年勤奋读书的古子涧村誉为“秋涧书声”，被列为“汲县八景”之一。他的言论诗文刊行于世一百卷为后人所传读。他的墓圹位于汲县(今卫辉市)城郊乡八里屯村西南石人洼内，距县城十华里。墓地前沿有神道，两旁为石刻仪仗，对称排列，每当“清明”前后和春节期间，家乡父老纷纷前往祭扫凭吊，表达深切的怀念和哀思 。